罚一次。
准确的说，是每个时间段的罚分。比如上午7:00-8:00限行期间处罚一次。如果你在晚上6点到7点违反了限制时段，你也会被罚款一次。
每个限行期都会有很多次拦截，但只要向警察或警察助理出示第一张罚单，就会立即放行。

扩展信息:
尾号限行制度是为缓解城市交通压力而生的一种交通制度。2007年北京奥运会测试赛期间，北京开始单双号限行。奇数日，只有车号结尾为奇数的私家车才能上路；双休日，只有车号末尾为偶数的私家车才能上路。
措施实施后，城市交通拥堵状况将得到缓解。2012年10月，北京市交通委表示将启动2013年保障交通畅通措施研究，评估特定时段特定区域机动车单双号限行措施；2015年10月8日至11月7日，2015年4月10日，北京市公安交通管理部门表示，纯电动小客车(新能源汽车)不在机动车尾号限行范围内，具体实施时间另行通知。兰州出租车试行月末限号措施，单双号限行暂时停止。2013年1月16日起，济南实施单双号限行，应对重污染天气。
参考:尾号限行-百度百科