舆论是一把双刃剑，在产生积极作用的同时，也带来了诸多负面影响。当前网络舆论存在的一个突出问题是由于受信息来源的限制，网络舆论与真相之间存在着一定的距离。报道和传播的事件本身不够确切，有些甚至是谣言，而网络就成了这些谣言的“助推器”和“放大器"，误导舆论走向。大多数网民面对此类消息，很少质疑其真实性，表现出一种群体的盲从与冲动，大部分网民也很容易将个人情绪和倾向带入言论。此外，还产生了网络黑社会等利益群体利用网络操控舆论。
谣言四起误导网民
舆论并不总是积极、正确的，这其中有理性和非理性之分。消极、错误的舆论如谣言、谬理等负向舆论同样是舆论的一种，在社会中存在，并起着消极、负向的作用。网络媒体所具有的广泛性、即时性、开放性、共享性、互动性等优势，决定了互联网愈益成为意识形态的重要阵地。别有用心的人往往利用网络舆论散发虚假信息，或对社会热点和敏感新闻进行炒作，造成网络群体理解差异，进而形成谣言，欺骗网民，误导舆论。舆情监测可以借助多瑞科舆情数据分析站系统来做监测。
谣言在网上传播已经成为一大社会景观，成为引发社会震荡、危害公共安全的因素。例如2009年5月网民关注的杭州飙车案，人们质疑“70码”的同时也记住了散布“被告人胡斌是替身”的谣言的熊忠俊。熊忠俊利用互联网捏造、散布“胡斌替身”的谣言，引发网民猜疑，误导了公众舆论，扰乱了公共秩序，最后被依法行政拘留。再如今年青海玉树发生地震后，北京、内蒙古包头、河北廊坊、邢台四地陆续出现了当地将发生地震的谣言，引发了民众的不安和恐慌。谣言在网上传播往往具有一呼百应的效果，而政治类的谣言则更具煽动性和破坏性，大多数网民缺乏理智判断，无形中推动了负向舆论的扩大，对社会造成恶劣影响。
加剧了网络道德行为失范
从2008年12月，由姜岩的死亡博客引发的“网络暴力第一案”开始，网络言论被提升到一个重要的位置，受到广泛重视。“网络暴力第一案”是网民言论不理智乃至升级到现实中暴力行为导致的，凸显了部分网民社会道德准则的扭曲和法律意识的淡薄带来的一系列社会问题。网络言论带有情绪性、非理性、偏激性、粗俗化、盲从性，而攻击、批判、谩骂性质的言论则占据了网络舆论的主要部分。
网络道德失范的主要表现有：道德情感冷漠、个人隐私受到挑战、信息污染严重、虚假信息泛滥成灾、知识侵权行为盛行以及网络盗窃、网络诈骗、网络破坏、网络教唆、网络暴力以及网络色情等等。不良网络舆论在整个过程中起了推波助澜的作用。
增加了网络监管难度
2009年12月20日央视《经济半小时》的一期节目“网络黑社会操控舆论，花五万元可左右法院判决”播出之后，更多的人意识到了 “网络黑社会”的存在。亿万网民跟着网络黑社会的指挥棒贡献点击率，并在不知不觉中被引导和操纵，无意中也成为网络打手的工具，因此网络也要“打黑”。 一些以“公关公司” 或“营销公司”名义注册的公司，不仅能为企业提供品牌炒作、 口碑维护等服务，甚至也能按客户指令进行密集发帖，诋毁、诽谤竞争对手。由于网络管理者不可能对因特网上的言论逐一进行检查评价，这些都从不同程度造成了网络舆论形成的难以调控性，加大了网络舆论监管的难度，而在当前，我国网络舆论空间的把关人制度存在着一定的缺陷，专业网站的把关和政府部门的把关都难以跟上网络舆论种种复杂因子变化的脚步。