《南京日报》目前为对开16版彩色印刷，日发行最高版数达100多版。整份报纸共分为4叠，A叠4个版为要闻版块，主要有要闻和国内国际要闻；B叠4个版为都市民生版块，主要有社会、热线、民生、焦点等4个版；C叠4个版为文体证券版块，主要有娱乐、体育、副刊、证券4个版；D叠8个版为专刊版块，主要有房地产、旅游、教育、美食休闲、汽车、财富、IT等版。2003年改扩版前，《南京日报》为对开16版彩色印刷。报纸分为4叠，A叠为要闻版块；B叠为都市民生版块，主要有百姓关注、社会热线、民生、焦点等4个版；C叠为文体证券版块，主要有文化娱乐、体育、副刊、证券等4个版；D叠为专刊版块，主要有房地产、旅游、教育、美食、汽车、财富、IT等专刊。2003年《南京日报》进行了改扩版，重新明确了定位，即“现代都市新型党报”；读者定位为“社会主流人群为主的全体市民”。改扩版起步阶段增至32版，分为A、B、C、D4叠。与原来的16版相比，报纸强化了为党政中心工作服务的要闻，增加了地方新闻、国内国际新闻、财经新闻、文体新闻、副刊和言论。报纸每个版面比原来减少了2厘米，成了便于阅读和携带的“瘦身报”。报纸版面形式和稿件的编排方式也进行了符合市场要求的大胆创新。后来扩至40版，内容更加丰富多彩。
2003年改版后的版面设置
周一到周五报纸
A叠：“要闻”版块（总第1--4版）
1、A1版，要闻版。以地方新闻为主，兼发国内、国际重大新闻。
栏目设置：
（1）《权威发布》，对市里重大政策、重大决策的率先发布；
（2）《经济时评》，立足南京经济现象的评论栏目；（3）《独家披露》，本报独家披露的重大信息，尤其是与百姓生活密切相关的信息；
（4）《政要访谈》，就政府工作的要点，百姓关心的问题走访政要，采用对话形式；
（5）《今日评点》，言论，依据当日新闻事实，有感而发。
2、A2版，要闻版。和一版要闻联动，刊发一版要闻的背景报道和解析性报道；读者关注的重要的“热点”报道等。
《教育周刊》
栏目设置：
（1）《纵深报道》，一版新闻的背景报道、热点新闻的追踪等；
（2）《观察家》，深度经济报道、党政报道，经济现象、社会现象的分析；
（3）《挺立潮头》，新锐经济界人士访谈；
（4）《冰点新闻》，尚未被人熟知但能引起人们兴趣的经济现象、社会现象的报道；
（5）《市长信箱》，每周提供上周或本周市政府“市长信箱”对市民来信回复的情况；
（6）《南京论坛》，中型言论，对当前焦点问题、热点问题的评论，千字文；
（7）《新闻调查》，深度报道，对某一新闻事件追踪原委、道出来龙去脉。 3、A3版，国内新闻版。及时报道国内时政大事，报道国家政治、经济的改革走向，解读国家新政策对地方和百姓生活的影响等。
栏目设置：
（1）《中国前沿》，刊发预示中国前进方向的改革试点的情况以及改革发展中出现的新现象、新苗头、新经验等；
（2）《同步链接》，利用都市报、晚报、官方重点网站等媒体同步发布的新闻；
（3）《都市圈》栏目：《城市传真》、《周边风情》、《圈内连线》、《圈内热点》。
4、A4版，国际新闻版。报道国外重大事件、热点事件和老百姓欲知的其他国外新闻。
栏目设置：
（1）《专家透视》，组织专家对国外某一热点事件分析原因，预测未来走向；
（2）《域外热线》，就国外某地发生的重大事件，向域外媒体、中国外交官等的了解。
B叠：“都市民生”版块（总第5--8版）
《房地产周刊》
5、B1版，社会新闻版。以动态新闻、纯社会新闻为主，写都市里的人和事，都市里的行当，都市里的风俗人情，关注都市人生活方式的新变化。
栏目设置：
（1）《社情调查》，对社会热点事件或现象作量化报道；
（2）《记者调查》，根据读者来信，记者调查后所写的深度报道；
（3）《对话》，就某个热点事件（现象），采访社会知名人士，形式为对话；
（4）《身边事、心里话》，群众性小言论。 6、B2版，“热线”新闻版。与读者互动，包括读者投诉、舆论监督、为民解难等，反映民声，维护民权。
栏目设置：
（1）《热线联动》，党报新闻热线与市长热线、市有关部门热线的联动；
（2）《媒体联动》，与南京地区媒体如《南京零距离》、《直播60分》等的联动；
（3）《读者点题》，读者出题，记者采访，释疑解惑；
（4）《曝光台》，报道权威部门的抽查、检测结果等；
（5）《红榜》、《黑榜》，由上榜人、上榜理由、点评等构成，抑恶扬善；
（6）《市民声音》，群众性小言论；
（7）《都市倾诉热线》，市民情感倾诉等。
7、B3版，“民生”新闻版。有关老百姓衣、食、住、行、医、教等方面的新闻和有关解析性报道。
《IT通信》
栏目设置：
（1）《信息快报》，将与老百姓生活密切相关的信息以第一时间报出；
（2）《提个醒儿》，就经济生活中容易忽视的问题向读者告诫、提醒。 8、B4版，“焦点”新闻版。主要是同其他媒体联动，每日同步刊载央视、省市电视台和外报的“热点”新闻、事件新闻，精选当日文摘，有效地利用现成的新闻资源，扩大读者视野。
栏目设置：
（1）《透视》，焦点新闻的深度报道；
（2）《解密》，满足读者对新闻背景故事的需求；
（3）《真相》，剥离众说纷纭的假象，还新闻事件的本来面目。
C叠：文体证券版块（总第9--12版）
9、C1版，“文化娱乐”新闻版。以报道娱乐新闻为主，兼顾文化新闻。
栏目设置：
（1）《独家报道》，国内娱乐界热点新闻，南京地区独家；
（2）《龙虎点题》，与龙虎网合作，联办读者点题；
（3）《娱乐现场》，娱乐现场新闻；
（4）《一周盘点》，每周一对上周南京地区重大娱乐新闻的回顾；
（5）《名家论坛》，请专家对国内和南京地区影响较大的文娱新现象作反思；
（6）《一周娱乐早知道》；
（7）《央视连线》，与中央电视台有关栏目合作，披露幕后新闻。
10、C2版，“财经证券”新闻。为百姓投资、理财提供有关服务。
栏目设置：
《记者观察》、《名家视点》、《清晨播报》、《记者解答》、《今日提醒》、《股民咨询台》、《专家论坛》、 《股市警钟》等。
11、C3版，副刊。以老百姓休闲怡情、品味人生、增长新知等为主，打造一批高起点，有品味、有新意、可读性
《旅游周刊》
强、具有亲和力的副刊，满足读者精神生活的需要。
版面设置：
周一，《发现》；
周二，《域外》；
周三，《理论视点》；
周四，《人在风中》；
周五，《市井》；
周日，《倾诉》。 12、C4版，“体育”新闻。以体育赛事、体坛人物、体坛现象、全民健身运动等为主要报道对象，满足读者业余文化体育生活的需要。
栏目设置：
《赛场纵横》、《火线传真》、《海外球员》、《足彩竞猜》、《周末休闲》等。
D叠：专刊版块(总第13-16版)
周一，《红绿灯下》、《汽车周刊》；
周二，《旅游与美食》；
周三，《健康周刊》；
周四，《教育周刊》；
周五，《房地产周刊》。
周六、周日报纸
原则上出8版。即由A叠和B叠的“社会新闻版”、“民生新闻版”，C叠的“娱乐新闻版”、“体育新闻版”组合。