中国幅员辽阔,不同地区的地形、地貌及生态环境都直接影响史前遗址的分布。
武夷山至南岭一线以南的华南地区，石灰岩洞穴较多，新石器时代早中期多洞穴遗址；新石器时代晚期洞穴遗址基本消失，贝丘、台地、沙丘、山岗遗址增多。
长江流域，新石器时代早期有少量洞穴遗址；新石器时代中期遗址大多分布在大的山脉与两湖平原的过渡地区，新石器时代中期晚段和新石器时代晚期遗址大多扩展到两湖平原和长江下游平原。
黄河流域，新石器时代早中期遗址分布于太行山和豫西山地与华北平原的交汇区，新石器时代晚期遗址则扩展到渭河平原、华北平原和黄淮平原。
北方沙漠草原地区，新石器时代遗址大多分布在既有利于狩猎上，又有利于农业的河流沿岸。